El Museo del Carlismo es un nuevo equipamiento museístico que tiene como objetivos fundamentales la recuperación patrimonial, la investigación y la difusión con criterios científicos de este movimiento político. Se dirige tanto al público general como al especializado. Para ello dispone, además, de un centro de documentación. Está instalado en un edificio del siglo XVII, conocido como Palacio del Gobernador.
La misión del Museo del Carlismo es la historia del Carlismo en Navarra y en España en el contexto de la historia de los siglos XIX y XX, entendido como un proceso político y social similar a otros en Europa y en el mundo, a través de la conservación (mediante la adquisición, documentación y conservación de sus fondos), la exposición y la investigación (mediante la documentación, cooperación y difusión) de sus colecciones.